MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) plasmid pHD5AT

Total Repeats: 277

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012752	A	8	8	862	869	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012752	A	6	6	942	947	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012752	TGA	2	6	1035	1040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012752	T	7	7	1080	1086	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012752	A	6	6	1093	1098	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012752	TTGA	2	8	1148	1155	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012752	AGCG	2	8	1177	1184	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_012752	AGT	2	6	1215	1220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012752	TCGCT	2	10	1221	1230	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_012752	CGG	2	6	1238	1243	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_012752	GCC	2	6	1276	1281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_012752	A	7	7	1309	1315	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012752	ATTAA	2	10	1343	1352	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012752	TGAT	2	8	1360	1367	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012752	T	6	6	1374	1379	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012752	A	6	6	1408	1413	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012752	T	7	7	1504	1510	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012752	CGT	2	6	1516	1521	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_012752	TGG	2	6	1545	1550	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012752	TTTC	2	8	1582	1589	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_012752	CTT	2	6	1815	1820	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_012752	GCCG	2	8	1824	1831	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_012752	A	6	6	1883	1888	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012752	AGC	2	6	1923	1928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_012752	T	6	6	1944	1949	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012752	A	6	6	1964	1969	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012752	TGC	2	6	1975	1980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_012752	A	6	6	2030	2035	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012752	AGA	2	6	2119	2124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012752	AAT	2	6	2127	2132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012752	A	7	7	2210	2216	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012752	GTAT	2	8	2241	2248	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012752	CTT	2	6	2271	2276	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_012752	TAA	2	6	2281	2286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012752	A	8	8	2299	2306	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012752	CATT	2	8	2989	2996	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_012752	A	7	7	3007	3013	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012752	T	7	7	3055	3061	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012752	TTG	2	6	3090	3095	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012752	AAG	2	6	3140	3145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012752	CAT	2	6	3162	3167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012752	ATG	2	6	3196	3201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012752	ATTT	2	8	3231	3238	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012752	AGC	2	6	5098	5103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_012752	GC	3	6	5165	5170	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_012752	AAG	2	6	5212	5217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012752	CAT	2	6	5233	5238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_012752	T	7	7	5242	5248	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012752	TAC	2	6	6358	6363	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012752	AAT	2	6	6442	6447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012752	AGA	2	6	6456	6461	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012752	TAT	2	6	6476	6481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012752	TTA	2	6	6482	6487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012752	CTTA	2	8	6492	6499	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_012752	CAT	2	6	6531	6536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_012752	GAT	2	6	6539	6544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012752	ATT	2	6	6563	6568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012752	TCA	2	6	6635	6640	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_012752	AGAAT	2	10	6651	6660	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012752	TATT	2	8	6670	6677	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012752	ATTA	2	8	7327	7334	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012752	TAT	2	6	7346	7351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012752	TGATTT	2	12	7369	7380	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012752	T	6	6	7387	7392	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012752	CTT	2	6	7442	7447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_012752	AAC	2	6	7492	7497	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_012752	AT	3	6	7523	7528	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012752	AAT	2	6	7598	7603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012752	A	7	7	7604	7610	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012752	TAA	2	6	7613	7618	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012752	CCG	2	6	7732	7737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_012752	AGTT	2	8	7745	7752	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012752	TAT	2	6	7773	7778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012752	TAGG	2	8	7847	7854	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012752	TCA	2	6	8300	8305	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_012752	G	6	6	8306	8311	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012752	AAGC	2	8	8312	8319	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_012752	CATT	2	8	8390	8397	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_012752	CGA	2	6	8416	8421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_012752	T	7	7	8501	8507	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012752	ATG	2	6	8531	8536	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012752	T	6	6	8560	8565	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012752	T	6	6	8577	8582	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012752	AGTC	2	8	8608	8615	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_012752	CAG	2	6	8620	8625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_012752	T	6	6	8642	8647	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012752	CTGT	2	8	8650	8657	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_012752	TA	3	6	8660	8665	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012752	T	6	6	8669	8674	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012752	TTC	2	6	8681	8686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_012752	GCTT	2	8	8691	8698	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_012752	CACGG	2	10	8827	8836	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_012752	GATCG	2	10	8839	8848	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_012752	T	6	6	8981	8986	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012752	TGA	2	6	9179	9184	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012752	T	6	6	9188	9193	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012752	TTA	2	6	9198	9203	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012752	CATT	2	8	9258	9265	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_012752	T	6	6	9269	9274	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012752	ATT	2	6	9276	9281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012752	TCA	2	6	9282	9287	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_012752	TAAT	2	8	9337	9344	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012752	ATA	2	6	9352	9357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012752	TAC	2	6	9378	9383	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_012752	TAT	2	6	9409	9414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012752	TA	3	6	9448	9453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012752	ATG	2	6	9472	9477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012752	T	7	7	9486	9492	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012752	ACG	2	6	9555	9560	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_012752	TTG	2	6	9587	9592	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012752	GC	3	6	9625	9630	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_012752	T	6	6	9664	9669	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012752	TGG	2	6	9734	9739	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012752	TTG	2	6	9812	9817	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012752	GTAT	2	8	9829	9836	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012752	AT	3	6	9835	9840	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012752	T	6	6	9844	9849	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012752	AT	3	6	9859	9864	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012752	AATT	2	8	9865	9872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012752	CGTA	3	12	9874	9885	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_012752	GAA	2	6	9900	9905	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012752	TAAA	2	8	9945	9952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012752	GAA	2	6	9974	9979	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012752	AGAAA	2	10	9980	9989	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012752	TTA	2	6	10002	10007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012752	T	6	6	10022	10027	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012752	A	6	6	10047	10052	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012752	T	6	6	10072	10077	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012752	TCTT	2	8	10083	10090	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_012752	T	9	9	10089	10097	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012752	ATG	2	6	10131	10136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012752	ACT	2	6	10204	10209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_012752	T	6	6	10215	10220	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012752	A	6	6	10428	10433	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012752	CTTT	2	8	10462	10469	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_012752	TATT	2	8	10533	10540	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012752	T	7	7	10539	10545	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012752	TAC	2	6	11480	11485	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_012752	A	6	6	11504	11509	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_012752	CTT	2	6	11521	11526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_012752	A	6	6	11544	11549	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012752	TTA	2	6	11572	11577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012752	CAA	2	6	11593	11598	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_012752	GTT	2	6	11606	11611	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012752	CTA	2	6	11618	11623	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_012752	GTTG	2	8	11668	11675	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_012752	ATG	3	9	11691	11699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012752	TTA	2	6	11737	11742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012752	T	7	7	11756	11762	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_012752	ATT	2	6	11809	11814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_012752	A	6	6	11851	11856	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_012752	A	7	7	11877	11883	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_012752	T	8	8	11888	11895	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_012752	ATT	2	6	11932	11937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_012752	T	8	8	11942	11949	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_012752	ATT	2	6	11957	11962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_012752	TCT	2	6	12020	12025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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160	NC_012752	GTT	2	6	12153	12158	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_012752	TTTAT	2	10	12227	12236	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_012752	T	7	7	12236	12242	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_012752	ATCA	2	8	12301	12308	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
165	NC_012752	ATT	2	6	12331	12336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_012752	AGA	2	6	12459	12464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
169	NC_012752	A	7	7	12491	12497	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_012752	ATA	2	6	12505	12510	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_012752	TTG	2	6	12547	12552	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
172	NC_012752	GCAA	2	8	12561	12568	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
173	NC_012752	CAA	2	6	12575	12580	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
174	NC_012752	AAC	2	6	12599	12604	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_012752	TTTTTA	2	12	14863	14874	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_012752	TTG	2	6	14879	14884	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
177	NC_012752	GTT	3	9	14892	14900	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
178	NC_012752	TTTC	2	8	15384	15391	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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183	NC_012752	TTC	2	6	15508	15513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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186	NC_012752	A	8	8	16531	16538	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_012752	CTT	2	6	16631	16636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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191	NC_012752	GTT	2	6	16660	16665	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
192	NC_012752	T	6	6	16689	16694	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_012752	TTC	2	6	16733	16738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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195	NC_012752	T	6	6	16789	16794	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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263	NC_012752	A	7	7	58419	58425	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_012752	AT	3	6	58467	58472	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_012752	T	6	6	58513	58518	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_012752	T	6	6	58520	58525	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.